到了正月13日，明太宗燕武亲王朱棣，在行过大祀天地从南郊归来之时，文武群臣们开始行庆成礼，由明礼部尚书李至刚，带头提出改北平行都指挥使司为〈北京〉、改应天府皇城为〈南京〉，还故意编造出理由道“自古帝王，或以布衣平定天下，或繇外藩入承大统，而于肇迹之地皆有升崇，今见北平承宣布政使司，乃陛下承运龙兴之地，宜遵太祖高皇帝设中都留守司之制立为京都。”此奏当即就被允诺下来。

2月初3日明太宗又设置了北京留守行后军都督府、北京邢部、北京国子监，并改北平府为〈顺天府〉，北平行太仆寺为（北京行太仆寺），以及行都督府还设置了左右都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事等无定员。

邢部则设置尚书二人、侍郎四人，六曹吏户礼兵刑工，各设有；郎中、员外郎、主事一人，还改明户部尚书郭资、明刑部尚书雒佥，两人为〈北京邢部尚书〉。

2月12日因之前北元益宗乌萨哈尔汗天元帝孛儿只斤·脱古思帖木儿，被乞儿吉斯部首领兀雷帖木儿汗乌格齐·鬼力赤，杀害！而乞儿吉斯鬼并非元帝后裔，导致各部落多不服气，又遭到北元恭宗兴原帝孛儿只斤·恩克卓里克图（也速迭尔）放弃大元皇帝称号，改称〈鞑靼〉自称大汗，明太宗得知事情后立即遣使给乞儿吉斯首领以通好，并赐与银币等物件。

早在明洪武四年公元1371年，大明帝国就在原吐蕃等处宣慰司设置了乌斯藏卫指挥使司、朵甘卫指挥使司以及宜慰使司元帅府、招讨司、万户府、守御千户所等行政机构。

明洪武七年公元1374年起开始升朵甘卫指挥使司、乌斯藏卫指挥使司二卫为〈都指挥司〉等到明太宗登基称帝后，听说乌斯藏行都指挥使司僧人哈立麻，精通道术善于幻化，被称为「尚师」，很想往征一晤。

随后明永乐元年公元1403年2月18日，明太宗派遣了明司礼监少监侯显，同僧人智先一道，带着书币出使陕西行都司、乌斯藏行都指挥使司，以征召尚师哈立麻，并挑选壮士健马护行。

到京师之后明太宗诏命明驸马都尉沐昕，出迎并在奉天殿内亲自接见尚师，赐领天下释教，明司礼监少监因奉使有功被擢封为〈司礼监秉笔太监〉奉诏出使周边各国。

明太宗还让明翰林院大学士解缙，负责编写〈永乐大典〉总裁，以及修编〈明太祖实录〉、〈列女传〉等书籍。

3月初5日因念及兀良哈三卫扶持自己登基有功，故此特意把大宁都指挥使司所辖地区部割让给兀良哈三卫作为回报，并调营州左屯卫、营州右屯卫、营州前屯卫、营州后屯卫、营州中屯卫和东胜左卫、东胜右卫至内地，并改北平行都指挥使司为大宁都指挥使司，还把大宁都指挥使司所辖都司府内迁至保定府境内，至此辽东都指挥使司和宣府左卫、宣府右卫、宣府前卫之间的声援隔绝，算是间接的削弱了大明帝国北部的防御能力。

然而在辽东都指挥使司关外的女真三大部落；建州八部、海西女真部、东海女真部野人女真自从女真斡朵里部首领万户侯爱新觉罗·孟穆特（猛哥帖木儿）被明帝国天子分封为朝廷官员之外，在加上朝廷经常派遣使臣前关外四处招抚还往东海女真部宣谕，才使得不断有女真部落首领率众入山海卫进关来朝。

11月12日明太宗亲自接见了来朝的女真胡里改部首领阿哈出，等人，再加上女真胡里改部首领帮助大明帝国招抚了东海女真部一些小部落首领，故此被明太宗在女真胡里改部正式设置了〈建州卫军民指挥使司〉任命阿哈出为卫指挥使，娶其女为嫔妃，还赐老丈人汉姓「李思诚」。

其余部族人则被委任为千户、百户、卫镇抚、总旗、小旗、千总、把总等官职，赐给诰印、冠带，还设置了建州卫经历司，从此大明帝国在女真族地区开始了大规模的设置卫所机